Su interés principal está centrado en entender el rol que juegan las praderas de angiospermas marines (Posidonia oceánica principalmente, pero también otras especies) como receptor y amortiguador de los impactos del hombre globales y locales (cambio climático, eutrofización, fragmentación, etc..), y en su utilización como indicador de estos.
Su segunda línea de trabajo, está centrado en el papel directo e indirecto que juegan los interacciones bióticas (herbivorismo y depredación) en el funcionamiento de los ecosistemas marinos bentónicos dominados por productores primarios como Posidonia oceánica, macroalgas y corales. En esta línea destaca un especial interés al entender el rol de los megaherbívoros tropicales (dugongos y tortugas) en estos sistemas. Todos estos estudios se enmarcan en un conjunto más general donde intentamos entender y predecir la resiliencia (resistencia y recuperación) de los sistemas marinos bentónicos ante el reto del cambio global y en concreto de acontecimientos extremos como las tormentas o recientemente los incendios a lo largo de la franja costera.
Para este trabajo es importante al mantenimiento de series temporales que durante las dos últimas décadas el equipo está llevando a cabo. También colaboran muy estrechamente con la administración, sobre todo en la Directiva Marco del Agua y las Estrategias Marines. Todas las líneas de investigación se desarrollan principalmente en dos áreas geográficas: el Mediterráneo y las islas Laquedivas y las Andamán (Océano Índico) y en tres ecosistemas: ecosistemas dominados por macroalgas, praderas marines y escollos de corales.